我们读《周易》的时候，都会遇到上下卦和上下爻的意思不能连贯的问题，原因就在于作者把它们的顺序故意排列错误了。我国的文化知识在百家争鸣以前仅在贵族内部传播，周朝礼崩乐坏以后，以孔子为代表的一部分贵族才开始将文化知识向平民传播。商末周初定型的《周易》作为古代的“帝王之学”，更是不但不对外传播，还故意把卦爻辞的顺序排列错了。但是，为了能够使后人正确的阅读，《周易》设置了密码。
周易设置密码的原理：一是，将一件事情分别记录在两个卦中，每个卦给一个符号。读《周易》需要根据符号之间的关系找到讲一件事的两个卦，再将两个卦合成一体并且按照爻辞的一定顺序排列各爻才可以。二是，利用先天图中不同卦象位置之间的关系来确定卦的顺序。根据密码搞懂了卦的顺序和爻辞的顺序，我们就会体会到《周易》是一本结构严谨条理清楚的书。
《周易》密码主要经两条线流传了下来。一条线是儒家，但是作为核心知识的《周易》密码，儒家也没有明确讲出，仅是在《系辞》中略有提及。其内容主要是“天一、地二、天三、地四、天五、地六、天七、地八、天九、地十， 天数五，地数五，五位相得而各有合”，“参伍以变，错综其数；通其变，遂成天下之文；极其数，遂定天下之象”，“八卦成列，象在其中矣；因而重之，爻在其中矣；刚柔相推，变在其中矣；系辞焉而命之，动在其中矣”。另一条线是道家，主要是道家传下来的伏羲四图（也叫先天图）。朱熹《周易本义》说：伏羲四图，其说皆出邵氏。盖邵氏得之李之才挺之，挺之得之穆修伯长，伯长得之华山希夷先生陈传图南者，所谓先天之学也。朱熹《周易本义》中的《河图》、《洛书》、《卦象》，以及《伏羲四图》就是《周易》密码。按照《系辞》中的这几句话对《周易本义》中的这些图进行解读，不但可以找到讲一件事情的两个卦（以后将讲一件事情的两个卦命名为重合卦），并且可以知道各爻辞的顺序以及重合卦的顺序，也就可以知道《周易》这本书的整体结构了。
八卦《易》的密码系统
《周易》仅有八个卦时的密码就是《河图》和《洛书》。《系辞》：“天一、地二、天三、地四、天五、地六、天七、地八、天九、地十”讲的是《河图》有十个数，分别是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10。
《系辞》说：“天数五，地数五，五位相得而各有合。参伍以变，错综其数。通其变，遂成天下之文”。 这里“相得”的意思是相互投合，相处的很好；“合”是合拢汇聚的意思；“参”是参照参考，“错”是交叉，“综”是聚到一起的意思。这句话讲的是：《河图》中有两组数字，两组数字内部的数是相互对应的，要参照5的变化来交叉着把两个数合到一起，合在一起的一对数要能够相互切合。这里关键是“参伍以变”。我们看《河图》的中心是5，在中心这个5的上下各有一个5，并且上下的两个5用线连接，表示以5为中心，将1、2、3、4和6、7、8、9两组数分开和聚合。5的聚合就是上下的两个5加起来等于10，同样的1+9=2+8=3+7=4+6=5+5，都等于10。
“洛书”与“伏羲八卦方位图”是对应的两张图。从这两张图可以确定，1是坤卦的符号，2是巽卦的符号，3是离卦的符号，4是兑卦的符号，6是艮卦的符号，7是坎卦的符号，8是震卦的符号，9是乾卦的符号。根据前段的公式可以确定乾坤、巽震、坎离、艮兑分别是四对需要合到一起的重合卦。确定了重合卦就能够“通其变，遂成天下之文”。这里的“文”不是文化的文，而是鸟兽的足迹，引申指万事万物运行的轨迹，也就是万事万物运行的内部规律。
六十四卦《易》的卦象密码系统
由于要将八卦增益到六十四卦，再用八卦的密码系统已经不能满足需要，例如第六十四卦不可能用一条线上划六十四个圈或点来做为符号，于是就发明了阴阳爻（卦象）密码系统。《系辞》所说的“极其数，遂定天下之象”指的是“伏羲八卦次序图”再“极其数”就形成了“伏羲六十四卦次序图”，也就形成了六十四卦的每一个卦的卦象。
“卦象”不但是《周易》密码，也是排列各爻的依据。《系辞》：“八卦成列，象在其中矣。因而重之，爻在其中矣”。这里的中，不是中间的中，而是射箭射中目标的中（zhòng）。这句话的意思是：只要有卦象在，就可以把六十四卦一列一列的排起来，也就是可以找到重合卦。利用卦象把一对卦重合到一起，只要有爻辞前面的数字在就可以了，也就是可以知道十二爻如何排列了。
那么如何利用卦象找重合卦呢？我们举例说明：乾坤两卦的卦象分别是、，从下向上分别形成对应阴阳爻，初九对初六、九二对六二……上九对上六。鼎和屯的符号、，从下向上分别是初六对初九、九二对六二……上九对上六。只要两个卦的卦象中，自下向上，同一个位置的两爻都能形成一阴一阳对应关系，则这两个卦就是一对重合卦。
另外，阴阳爻密码系统在确定重合卦后，还确定了各爻在这对重合卦中的顺序。这个顺序就是根据一对重合卦中十二个爻辞前面的数字“初六、六二……上六、初九、九二……上九、再到初六”确定的。在解释爻辞时任何一对重合卦的十二个爻辞的顺序都要按照这个规则重新排列。
《重合卦十二爻位置图》中的阴阳鱼图案有两层含义：其一，表示相应的两卦重合得到这张图；其二，《周易》在哲学上讲的是万事万物的发展都依据周期律进行。周期律的周期分成了十二个阶段，每一爻表示一个阶段，这十二个阶段按照图中前后顺序顺时针方向，无头无尾周而复始循环往复的运行。所以读《周易》，先从一对重合卦的那一爻开始读无所谓，只要按照顺序来读就可以。一般我们需要解决什么问题，只要知道这个问题处于其自身周期发展的什么阶段，就从那个阶段开始。另外，《周易》每一对重合卦的十二爻都要放在图中对应的位置。《周易》特别注重“位置”，所谓“当位、不当位”，原因在此。
六十四卦《易》的图表密码系统
从“伏羲六十四卦次序图”不但可以看出每一个卦的卦象是如何产生的，还能找出重合卦。找重合卦的方法是从图中上边一排卦名的两边向中间，或者从中间向两边依次前进，对应的两卦就是一对重合卦。例如从两边向中间，分别可以找到“乾·坤”、“剥·夬”、“比·大有”……。
在“伏羲六十四卦方位图”的圆图上，以中心为圆心，在一条直径上的两卦是一对重合卦。在“伏羲六十四卦方位图”的方图上，以中心为圆心，在一条直径上并且到圆心距离相等的两卦是一对重合卦。
“伏羲六十四卦方位图”中间方图从下到上分为八排。第一排与第八排16卦形成8对重合卦，第二排与第七排16卦形成8对重合卦，第三排与第六排16卦形成8对重合卦，第四排与第五排16卦形成8对重合卦，这四个8对重合卦分别形成四章，分别讲四类事情。另外，我们还可以通过圆图找到四章三十二对重合卦的顺序。
《周易》卦序图
根据这些密码，我们已经找到了重合卦，整理出《周易》重合卦的顺序，并且知道了一对重合卦中十二句爻辞的顺序，也就知道《周易》的全书结构了。有了这个结构，并且能够明白卦爻辞中每一个字在三千年前是什么意思，并且对当时的社会有一定了解，就可以看懂《周易》了。
几千年来，可能没有一本书象《周易》一样，有如此众多的研究者。这些研究者难免有人喜欢在原书中进行批注，而在印刷术发明以前，书的传播是需要人工抄写的，甚至印刷术发明以后，书的传播也有人工抄写的，如此一来就有人将别人的批注当成原书抄写了下来，给我们现在研究周易带来了极大的困扰。我们现在看《周易》、《易经》中的“十翼”，甚至看《左传》和《史记》等书中描写算卦的部分，许多地方的一段文字中文风就明显不同，显然不是一个人写的。如果对《周易》有深入研究，可以剔除一部分后人的批注，但是难度太大了。如果不注意这个问题，研究周易的难度就会增加，甚至把人引入歧途。
